根据最高人民法院相关司法解释的规定，对超过诉讼时效期间，当事人双方就原债务达成的还款协议的，应当依法予以保护。但由此引发了以下几个问题：

    一、超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议产生的是新的债权债务关系。

该债权债务关系适用我国民法通则关于诉讼时效期间的规定，其诉讼时效的起算点按照借贷法律关系的要求，应当是还款协议中约定的还款日，而不是还款协议达成日。

二、还款协议作为新的债权债务关系，当事人在原债权债务关系中的约定对新的债权债务关系不再适用。

如原来合同中约定有违约金,在新的债权债务关系中如果没有作出新的约定，则不再适用。当事人违反债权债务关系不能再计算违约金，只能适用损害赔偿的计算方法。

三、有主从债务的情况下，主债务的双方当事人达成还款协议的，该还款协议对从债务人并不当然发生作用，此时的从债务人仍然可以行使主债权诉讼时效期间届满所产生的抗辩权。只有当从债务人与债权人也达成还款协议时，债权人对从债务人的请求权才受法律保护，产生强制执行效力。